Todo país do mundo (até os mais liberais) possuem legislação trabalhista prevendo pelo menos algum grau de proteção ao empregado.
E nem é a CLT quem determina os descontos obrigatórios no salário do empregado. É a legislação previdenciária (lei 8,212/1991) e tributária (imposto de renda).
Portanto, ainda que revoguem a CLT ela será substituída por alguma outra legislação trabalhista (ainda que mais liberal)