Ou vocês duas começam a respeitar as diferenças uma da outra para uma boa convivência

ou se afastam por completo para evitar intriga. Se sua cunhada não é uma má irmã para seu namorado e seu principal problema com ela é religião, você não vai conseguir afastar ela dele, isso é até algo feio, imoral. O mais correto é pedir uma trégua e tentar conversar com ela pra ver se podem chegar a um consenso. Se não, aí sim você pode considerar uma separação porque viver em pé de guerra com familiar próximo não deve ser nada bacana e vocês ainda são só namorados.