Bonita é que ela não era!
Pra começar, ela teve varíola na infância, e por esse

motivo ficou com o rosto todo marcado. Naquela época não tinha todo esse monte de tratamentos estéticos que temos hoje, então já viu.

"Dona Leopoldina, uma de suas noras, que casou com Dom  Pedro I, Imperador do Brasil, quando a viu pela primeira vez, achou-a tão feia que: [...] baixou os olhos como não querendo voltar a vê-la; as marcas da varíola, o corte de cabelo, cordões e mais cordões de pérolas e pedras preciosas enroladas em seus cabelos, pendendo de seus cachos gordurosos como cobras..."
Fonte: https://www.fafich.ufmg.br/pae/colonia/cinema/CarlotaJoaquina/Biografias/Aparencia.htm

Fora os problemas advindos dos casamentos consanguíneos, realizados nas dinastias reais durante séculos (vide Carlos II da Espanha).