Difícil saber a qual deus você se refere, existiram tantos.
Se for o do cristianismo,  não

vejo intolerância de ateu, nem manifestação de raiva, mas é comum ver isso do crente. Muitos são intolerantes com  aqueles que não partilham do mesmo conceito ou fé.
Aliás, o deus virou pretexto para disseminar  ódio aqueles que não  tem um deus como regente de suas vidas.   Deus é  uma máscara social, um status onde há quem se beneficia, ou se tornar milionário e manipular massas  ou  para passar  uma imagem daquilo que não é socialmente.
Por vezes esse tipo de pessoa nem mesmo o próprio evangelho segue. E é comum que muitos desses deixem a religião e se revolte   com o  deus que um dia seguiram. 
Falando da contemporaneidade, já que muitas guerras ocorreram em nome de deuses, atualmente o mundo presencia o massacre de crianças, mulheres e idosas em nome de um suposto Deus, capitaneado por um homem, não uma  entidade, um ser   divino, um sujeito com status social religioso.
Não são ateus a proporcionar isso, são pessoas que supostamente "creem" em deus.