Em teoria, fazendo a mesma função e tendo o mesmo nível de senioridade e tempo

de casa, duas pessoas deveriam ganhar o mesmo, independentemente de gênero. (Uma pessoa que esteja na empresa há mais tempo poderá ganhar mais por conta de eventuais dissídios.) Agora, concordo com @munikmi quando diz que, se ela é melhor no serviço, deveria ser promovida. Não estou aqui contando PLR, gratificações ou comissões, já que você não menciona esses itens diretamente (mas eles podem sim influenciar no total que a pessoa ganha). Outra coisa que pode influenciar é a negociação salarial no momento da admissão.