Ótima pergunta.
A homofobia é o preconceito sofrido por homossexuais apenas por serem homossexuais.
Existe diferença, pois

preconceito pode ser de cor, classe, gênero, opção sexual e por ai vai.
Quando uma pessoa explicita, através de atos, palavras e comportamento, seu preconceito ela discrimina ou agride.
Preconceito não é ilegal, não é crime.
A discriminação por cor sim. A discriminação por opção sexual, ou seja, a homofobia, ainda não é crime.