Ótima pergunta.
As feministas querem desconstruir a cultura machista, que oprime as mulheres e impedem elas

de ter direitos e liberdades equânimes aos dos homens.
As igrejas são instituições que existem para manter e disseminar a cultura patriarcal com bases em dogmas, valores e princípios que tiveram "origem divina" que por um acaso cerceiam a liberdade da mulher na sociedade.
Esse gesto é uma forma de menosprezar a igreja assim como alertar que eles não praticam o que pregam, pois muitos religiosos possuem vida sexual ativa e outros são abusadores de mulheres e crianças.