Sim, usando os aplicativos de WhatsApp modificados. Mas você pode tentar responder de outra forma,

desativa a internet e responde. Depois que você responder você sai do WhatsApp e liga a internet novamente a mensagem vai demorar um pouquinho para ser enviada, mas chegará para pessoa, e vc não vai precisar ficar online para responder. Acho que essa é a única forma de enviar mensagens sem aparecer online, pelo menos no WhatsApp normal.