De acordo com a Constituição o entendimento do STF está certíssimo, mas devemos pensar na

não prisão em segunda instância de forma erga omnes e não só somente no Lula, ele ser a um dos beneficiados como tantos outros que também estão presos, mas também não faz sentido prender alguém - sem ser de forma provisória o que é permitido (em casos de perigo de fuga, para as investigações)-, que ainda não foi totalmente julgado.
O certo é criar um tipo processual que tipifique o momento da prisão.
Como não há uma norma que regule tal ato, utiliza-se os princípios gerais do Direito para preencher uma lacuna que é oriunda da omissão do legislador.