As públicas são bem mais concorridas, principalmente por não pagar. São consideradas melhores pelo nível

dos professores, geralmente mestres e doutores, mas atualmente estão com poucos recursos, isso faz um tempo já, por tanto, sem laboratórios e dinheiro para investir em pesquisa. Hoje o ProUni é uma boa opção sim, eu pelo menos escolheria esse caminho. Mas ambas as escolhas tem prós e contras. Dá uma pesquisada e fala com pessoas formadas no curso que você quer.
Qual vai ser seu curso mesmo? Isso também pesa para escolher