Acho que vai muito de como o ateu e a pessoa religiosa se comportam. Existem

ateus que são um pé no saco e existem religiosos que enchem a paciência também(Os famosos fanáticos religiosos). Eu não sou religioso, mas acredito na existência de Deus, o problemas de estar num relacionamento com um fanático religioso é que tudo na vida dele gira em torno de Deus, algumas vezes chegar a um nível inacreditável de loucura ou até mesmo tentar converter o companheiro ou companheira. Entretanto estar com um ateu que fica enchendo o saco no mesmo nível tentando convencer a pessoa a abandonar seu pensamento sobre a existência de Deus também é chato.
Já vi um casal onde o cara é um ateu e a esposa religiosa, fui até no casamento, os dois estão juntos a muitos anos e parecem ser bem estruturados, mas acho que é pelo fato de respeitarem as diferenças um do outros.