Porque preconceitos, são muitas vezes manifestados de maneiras sutis, niveladas. Acontece

até das pessoas manifestarem isso e nem saberem que estão sendo preconceituosas, Porque preconceitos são normalizados socialmente.

Como foi no seu caso, parece que você n tinha intenção e assim como ela, de não "surtar". Mesmo que você tenha explicado para ela, coloque-se no lugar dela: . quantas vezes, em situações variadas n devem se referir à ela no contexto de gênero(ele/ masculino) e n no nome? Se você é um pouco mais próxima dela, sabendo que ela se identifica no feminino, já seria suficiente para entender os motivos do "surto" ou de ela ter ficado chateada.