A Federal sempre tem um peso, pela dificuldade de ingresso e, principalmente, de conclusão do

curso pelo estudante. Acredito que as disciplinas que você teve serão compatíveis com as disciplinas da Federal. Vai na página das duas faculdades e compara as ementas das disciplinas, carga horária, créditos, daí você descobre se tem como creditar em vez de refazer as disciplinas que você já teve. Por que você perderia o estágio? Se for em órgão público realmente é um pouco complicado, mas dá pra tentar conversar com muita simpatia e educação com o povo do RH. Se o estágio for em empresa privada, melhor ainda. É possível que você demore no máximo 1 ano a mais pra se formar e estágio em administração, estudando na Federal, não vai ser tão difícil.