Depende da pessoa e do contexto, exemplo:
Qnd eu tenho interesse no cara e ele faz

algo que eu admiro - eu falaria tipo "nossa, vc é muito fofo!"
Qnd eu não tenho interesse no cara e ele demonstra interesse por mim - eu falaria tipo "ahaha, que fofo"
A primeira resposta seria num tom de demonstrar carinho/admiração, já a segunda seria mais uma em tom de educação mesmo, sabe? Tipo, só para não deixar o cara sem graça e tals.
Se vc perceber essas diferenças, fica mais fácil de entender o que uma mulher quer dizer com "fofo".
Não sei te dizer se as outras mulheres pensam assim tbm, mas eu pelo menos faço desse jeito.