Depende do tipo de monitoria e depende da iniciação científica. Se voce estiver na graduação

e quiser fazer mestrado depois, tanto a iniciação científica quanto a monitoria contará pontos. No entanto, na entrevista eles irão perguntar sobre sua iniciação científica, sobre o que foi pesquisado e etc. Isso acontece porque eles querem saber se você desenvolveu sua pesquisa com seu orientador e como foi, pois no mestrado você tem que desenvolver uma pesquisa e uma dissertação.
A monitoria serve para contar pontos, geralmente.