Qual é a diferença entre um sistema de arquivos do tipo EXT (2,3 ou 4) e FAT (12,16 ou 32)?

Quero criar um Sistema Operacional, e para isso irei criar um Sistema de Arquivos para ele, porém estou em dúvida em qual escolher, o EXT (Extended Filesystem) ou FAT (File Allocation Table).
Qual é a diferença entre ambos e qual é o melhor?