O juiz considera muito importante a palavra da vítima, ainda mais por ser um crime

"escondido", mas, para haver condenação, geralmente, o depoimento tem que estar embasado com outros meios de prova.
"Ah, mas foi preso"... Prisão temporária serve para isso, caso o juiz veja que é necessário, para uma melhor apuração e resguardo da vítima, não precisa ter certeza da culpa, não é condenação.
Caso a vítima tenha mentido, esta poderá ser enquadrada no crime de denunciação caluniosa. Ainda, poderá ter de pagar indenização por danos (morais principalmente).
Ah, e o acusado, obviamente, pode levantar provas de que não é culpado. Por exemplo, comprovando que não estava na cidade, que não ocorreu o fato (testemunha, filmagens etc)....

http://blogs.oglobo.globo.com/lauro-jardim/post/stj-depoimento-de-vitima-de-estupro-ou-assedio-sexual-vale-como-prova.html