Ah, como é bom ver alguém falando de biologia. Meu coração chega a aquecer. Principalmente

citando Charles Darwin

Bom, vamos lá. A seleção natural está na questão de quem se adapta melhor naquele ambiente.

Os pinguins são aves, ou seja, eles voavam, porém migraram para um ambiente congelado, sem vegetação e insetos, então, tiveram que se alimentar de peixes e tiveram que nadar.
As aves(pinguins) que tinham asas menores conseguiram nadar melhor e capturar peixes e se mover, as que tinham asas maiores não conseguiam, com o passar do tempo, as aves de asas menores foram sobrevivendo e as de asas maiores morrendo por não conseguir se alimentar e fugir de predadores. Então, com muitas espécies de asas pequenas nadantes sobrevivendo e reproduzindo e os de asas maiores morrendo, a espécie foi se tornando uma espécie com indivíduos de asas pequenas que nadam. E assim hoje são os pinguins.

Como os pinguins, assim é a seleção natural para todas as espécies. São o que são porque aqueles que tinham essa característica/vantagem fizeram a espécie sobreviver e passaram em diante nos seus descendentes.