Cara,
Deserção

Art. 187. Ausentar-se o militar, sem licença, da unidade em que serve, ou do lugar

em que deve permanecer, por mais de oito dias:

Pena - detenção, de seis meses a dois anos; se oficial, a pena é agravada.

Atenuante especial

I - se o agente se apresenta voluntàriamente dentro em oito dias após a consumação do crime, a pena é diminuída de metade; e de um têrço, se de mais de oito dias e até sessenta;

Deserção é um crime previsto no código penal militar, nesse caso a única coisa que vc pode fazer é ir no quartel onde vc está incorporado e se entregar.

Sinceramente é a única maneira de resolver a sua situação perante a justiça militar.

Mas como toda justiça, lá vc tbm vai ter seus direitos a um advogado e a um julgamento por juízes militares q vão analisar e julgar o seu caso.

Se vc se entregar, as coisas podem facilitar para vc.