Depende do motivo da preferência. Acho a mensagem do Matrix bacana, e acredito que desperte

mais espaço pra pensamentos e descobertas. Mas, Duna é sem comparação muito mais bem feito. Até mesmo por ser atual, a qualidade de imagem e das cenas é muito mais realística e passa mais credibilidade.
Pela mensagem, ficaria com Matrix. Mas, pelo filme em sí, Duna.
Guerra nas Estrelas eu nunca assisti.