Não acredito que já tenha acontecido, mas acho que pode acontecer sim.
Tudo que envolve humanos

pode ser fraudado.
Pouco custa pra um código no sistema da urna ser modificado pra dar mais votos pra um candidado específico.
E mesmo quem não acredita que fraudes podem acontecer, por que ser contra a transparência dos votos?
Se as urnas não são fraudáveis, o voto impresso só confirmaria isso, não acha?