Sim, é diferente.
Na masturbação você fica deitado ou sentado e só a sua mão

se move, você consegue aplicar pressão na quantidade correta no local correto e se movimentar na velocidade que quiser, é tão eficiente e prático que você consegue gozar em segundos ou poucos minutos, dependendo do seu nível de excitação.
Na transa você tem que ficar em diversas posições e fazer movimentos repetitivos e cansativos, como se tivessem uma academia, vira e mexe vocês tem que trocar de posição e intercalar quem faz o movimento senão vocês ficam muito cansados. Além disso a camisinha impede você de sentir a textura de dentro da vagina, parece que você tá metendo em um buraco úmido e quente só, a mulher não consegue se mover na velocidade que você quer, nem os seus quadris, a pressão não pode ser controlada nem aplicada num local específico onde você quer dar mais atenção. Mas em compensação tu tem o carinho e a realização de transar.