Eu vou tentar ser o mais real possível, lógico que com sutileza, para que ele

tenha uma "base" sobre isso na sua cabecinha e não ser pego de surpresa futuramente.

Tenho uma amiga que quando pequena, ao fazer esse tipo de pergunta sua mãe disse que tinha comido uma maçã e engolido o caroço, daí ela engravidou. Resultado: a menina ficou com trauma de maçã e não podia ver ninguém comendo uma.
Então não acho muito legal essas historinhas de caroços, cegonha e derivados...