Sim. Você pode ler Nietzsche e seguir acreditando em Deus.
Stephen Hawking era ateu convicto

e membro da Pontifícia Academia das Ciências, sim a Academia de Ciências do Vaticano. E não deixou de ser ateu por isso. Assim como há filósofos ateus que leram a obra de São Tomás de Aquino, Santo Agostinho sem se deixar influenciar pela fé católica.
Fé ou falta dela é uma coisa muito pessoal e fatores externos não interferem, se isso é algo bem resolvido em você.