Isso acontece porque o protagonista da primeira série de jogos o Megaman e o protagonista

da série de jogos X não são o mesmo personagem, o X é justamente o nome que o o Dr. Light deu ao novo robô que ele fez. Inclusive há outros jogo como Megaman Zero, Megaman Y e outros que contam individualmente a história de cada robô do Dr. Light. Basicamente é isso.