Olha cara, das três uma: ou eles tem uma intimidade muito grande e ele faz

isso na brincadeira, ou ele da em cima dela e ela responde por educação, ou (oque eu acho improvável) eles realmente tem um caso escondido, mas isso me parece besteira de pensar.
Como você foi procurar ler as conversas dela acredito que você estava inseguro já, então mantenha a calma e coloque na sua cabeça que provavelmente não é nada demais. É normal esse tipo de brincadeira e eu sei pq eu tenho uma melhor amiga, mas se for a segunda opção você tem que mostrar pra ela que ela pode confiar em vc e que pode falar sobre esse incômodo (oque ela não vai pensar se descobrir que vc estava bisbilhotando as conversas dela). Mas se for a última, oque eu não acredito que seja, deixa partir, põe um fim.