É possível sim. Não é saudável ter um relacionamento com alguém que não aceita você

ser de outra religião, ou no seu caso, não ter religião. Da mesma forma, não é saudável ter relacionamento com alguém que não quer fazer parte da mesma fé que ela, visto que isso é importante para ela.
Acredito que vocês podem ter problemas no futuro, ela vai ter costumes e valores que talvez você não concorde e não esteja disposto respeitar o tempo e o jeito dela. O mesmo pode acontecer ao contrário.