É comum a glande do pênis ter umas pintinhas marrons?

Não é comum, não sei dizer se é uma doença.

Manchas escuras na glande, o que pode ser?
Perante o aparecimento de manchas na zona íntima masculina, é normal que exista preocupação e necessidade de entender a sua origem. Confira as possíveis causas das manchas escuras na glande:

Máculas melanóticas ou lenticulares
Hematomas ou traumatismos
Fungos
HPV
Sífilis
Chancro
Linfogranuloma venéreo
Granuloma inguinal
Balanite
Câncer

https://onsalus.com.br/manchas-escuras-na-glande-o-que-pode-ser-4.html

Não é normal não.... Poderia até ser do pênis dele, mas é bom vc ir no medico fazer exames e deixar ele ser analisado. Talvez possa ser algo grave ou até mesmo uma alergia, então, tudo pode ocorrer. Melhor vcs procurarem um médico, antes que ele se torne eunuco(brincadeira).

Observando preocupada... tive um ex com uma machinha escura na glande...

Desculpa eu sei que é sério , mas não posso me conter ficou parecido com um cogumelo?

Apareceram agora ou são desde qdo nasceu ?
Caso sim, pode ser às Glandulas de Tyson e são normais .
Caso não, procure um urologista.