Se as empresas estiverem consultando seu CPF, isso irá acontecer mesmo. O score não mede apenas se você paga as contas em dia, esse é o problema, ele mede a sua saúde financeira como todo, expondo todos os riscos, e como você lida com essas responsabilidades.
Se por exemplo, você ganha pouco, e faz muitas contas, mesmo que pagando tudo em dia, isso é interpretado como se você vivesse pendurado, ou você criando uma bolha pra você mesma, que pode estourar, isso pode também ser encarado no mercado financeiro como irresponsabilidade fiscal.