Eu não sou religioso e minha mãe não se conforma com isso, o que fazer?

Custa tanto vc ir vez ou outra só pra vê-la feliz?

Se vc sair de casa, vai amenizar por vc ter menos contato. Mas, como deve ser algo importante pra ela e ela se preocupa com vc, acho que mudar de casa não vai fazer com que ela pare de perguntar.
Enfim, só se tem uma mãe, respeite ela, escute. Não quer ir? Ok, mas não precisa destratar ela, ela não está fazendo nada de mais.

Senta e conversa, expõe o quanto isso te incomoda. Ou só continue recusando, educadamente. Não faça nada que não queira, você tem direito a sua própria opinião e vontade.

Não faça nada. Você não quer? Então não vá , é um direito seu. Mas se já foi da igreja, então pare e reflita , porque deixou de ir, reveja seus conceitos. Abraço

Também não vou em igrejas, são rótulos, a lei humanas taxando como é a lei de Deus . . . Minha mãe pensa que sou ateu, ela não entendi minhas ideologias.

Falta de diálogo.
Converse com ela de boa sobre o que vc pensa e vida que segue.
Cada um no seu quadrado.

Como a religião é muito importante para ela, ela quer que você a acompanhe.
Quando você sair de casa muito provável que amenize, pois você não vai vê-la com frequência.

Ainda que saia de casa ela de algum modo falará algo. Seja paciente e tente compreender a visão dela.
Em todo caso apegue-se a sua decisão, somente vá se estiver verdadeiramente inclinado a isso e pretender ir outras vezes, ir apenas pra agradar dará a ela falsas expectativas e irá piorar tudo.