Será que daria certo em um namoro, uma pessoa que é muito de igreja e a outra pessoa não?

Pode até ser, mas acho complicado. Os valores, formas de pensar são muito diferentes e as divergências logo vão surgir.

Já começa na incompatibilidade.

Pouco importa se a pessoa frequenta igrejas ou não. O que importa são os valores e ética que ela possui, principalmente, se observáveis em suas atitudes.
Tá cheio de crente filho da puta (e até assassino, estuprador) por aí, embora seja uma ínfima minoria e conheço alguns ateus que não são esquerdosos e são gente boa (minoria também).