Depende do modo de entrega. Se for pelos Correios Envios do mercado livre você imprime o código de envios e coloca na caixa que vc tem e envia.
Mas no geral, vc arruma caixa, seja ela comprando nos Correios e pagando o envio ou fazendo caixa de papelão(mas aí vai ter que ter vendido pelos Correios Envios do mercado livre pra imprimir o sistema de envio do comprador)
Um amigo meu que trabalha tbm com mercado livre, embrulhava em caixas comuns, como de móveis, só que com a logo das lojas pro lado de dentro. E a embalagem interna com jornal.