Porque se você considerar o gás sendo também matéria, então ele está completamente cheio, porque geralmente a pessoa não pergunta se o copo está mio cheio ou meio vazio DE AGUA, então pra uma pergunta mais genérica tu pode dizer que ele está completamente cheio, metade com água e metade com gases.
PORÉM, sabendo que os átomos são na maior parte do volume que ocupam, vazios, então ao mesmo tempo o copo está quase completamente vazio, porque os átomos que o preenchem são quase nada de matéria realmente.