Depende do que está escrito no edital. Se houver um parágrafo falando sobre essa questão específica, OK. Se não houver, concurso frustrado e a prefeitura precisa fazer outro edital.
Se a prova cobrou além do necessário para o exercício da função, incompetência da banca examinadora. Se a cobrança foi justa, nenhum dos candidatos está preparado para o serviço. Em ambos os casos, um novo concurso deve ser realizado.
Olha, em concurso grande (de juiz, por exemplo), é muito comum sobrar vagas por ninguém atingir a nota mínima. Acho que vão homologar assim mesmo, sem ninguém aprovado.
Dá uma pesquisada no concurso do TRf5. Apenas 11 aprovados.