Não elimina nada, ele apenas desfragmenta o seu disco, como o próprio nome já sugere.
Com o tempo o disco fica muito fragmentado e isso deixa a leitura mais difícil, tornando seu PC mais lento.
Lembrando que não é recomendado desfragmentar unidades de armazenamento sólidos como cartões SD ou SSD, isso serve apenas para discos rígidos que já estão em uso há um tempo.
Uma coisa que pode ajudar a deixar seu PC mais rápido é excluir os cachês e arquivos temporários que são cookies que ficam armazenados para abrir programas mais rápidos, porém com o tempo o excesso desses itens acaba prejudicando a velocidade do seu PC.
Vá no menu iniciar e aperte em executar, depois digite os seguintes comandos =
temp
e
%temp%
Pode excluir tudo o que estiver dentro de ambas as pastas.
Se já faz muito tempo que seu PC não é formatado, e tal.
Exclua tudo da pasta prefect.
É recomendado excluir os arquivos desta pasta só de vez em quando e não a todo momento, os arquivos das pastas *temp* você pode deletar uma vez por semana se quiser.