Não estou falando aqui sobre as instituições privadas, são sobre as públicas em específico.
As instituições públicas, pelas leis, devem atender à população e não servir a interesses partidários, mas na prática, estão subordinadas ao executivo de algum município, estado ou da união, que são ocupados por prefeitos, por governadores ou pelo presidente, que precisam se candidatar por meio de algum partido (e maioria não sai do partido depois), como são eles que pagam os salários dos funcionários públicos, então temos na prática muita motivação partidária no funcionamento de postos de saúde, escolas públicas e em outras instituições, temos até pessoas que perdem o emprego ou certos tipos de estabilidade caso o político que está no município seja trocado por outro.
Normalmente, militares não precisam filiar a partido, e existem de vários viezes, desde o Coronel Ibis ao General Heleno. Nesse caso, acaba havendo uma liberdade de pensamento maior que o partidarismo que vemos em muitas instituições públicas da esfera civil, ao menos naquelas controladas por algum político da região, em que esse político paga os salários dos funcionários da região ou garantem os empregos e estão sempre ligados ao conjunto delimitado e bem controlado das siglas partidárias e de seus caciques.