Quando faz compra em mercado pela net (seja por ifood ou site do supermercado mesmo)...

Sim, geralmente ficam salvos no servidor da empresa, ou a que intermedia a relação, ou a que recebe o pedido final. Ou as duas.
Se você acha que existe um mundo digitalizado onde as grandes empresas não têm os seus dados, esquece. Qualquer coisa que você vá fazer, pela internet ou não, onde você tenha que colocar seus dados pessoais, pode ter certeza que eles vão ficar salvos ou guardados.

Não sei, espero ter ajudado.

Nunca.
Evito usar CPF ao máximo possível.

Nunca comprei bhghj

Todas as vezes que comprei no mercado através do ifood, veio uma nota fiscal com meu CPF.

Obs

Sim, no CPF do cadastro.