A questão é que a ciência não aponta que viemos do macaco, ela aponta que os nossos ancestrais possuem características em termos de genes parecidas com macacos. Veja, não a o que discordar nesse estudo, ciência só é ciência porque respeita a veracidade e esse fato foi confirmado por estudos científicos.
Sobre Adão e Eva, eu acho difícil acreditar nesta ideia, acredito que foi mais uma alegoria para explicar a formação da humanidade, como metáfora (que é uma linguagem muito usada na bíblia toda) funciona, mas teoricamente não faz sentido, até mesmo analisando a diversidade genética e de fenótipo da população como um todo. Se todos vieram da junção de cromossomos de um homem e mulher, então a manifestação do fenótipo deveria ser quase iguais para todos os indivíduos e para todos os filhos desse indivíduos consequentemente em todas as gerações até chegar a atual. Sem esquecer, que a humanidade demoraria muito mais ou nunca chegaria ao número atual de indivíduos da nossa espécie no planeta, pois iriam ocorrer muitas mortes por doenças genéticas hereditárias, considerando o cruzamento de pessoas com herança genética extremamente parecida.
Não viemos dos macacos, temos sim um ancestral em comum com eles.
E quanto à lógica, seres de linhagens primitivas podem coexistir perfeitamente com as mais evoluídas.