Java parece ter mais oportunidades de trabalho, em compensação o C# parece ser mais interessante e tem mais recursos. Fico em dúvida qual seria melhor focar pensando a longo prazo.
Se for só pra iniciar e aprender uma linguagem, tanto faz, as duas são ótimas linguagens e tem muito suporte em fóruns, eu comecei aprendendo C# e Java juntos