É certo aplicar o desconto da via perdida?

Você recebe Quebra de Caixa? E se não recebe, isso está previsto no seu contrato? E a possibilidade de ter o salário descontado por erro, também foi prevista no contrato no momento da admissão?
Se a resposta de qualquer uma dessas perguntas é "não", então ele não pode descontar o seu salário, independentemente de se você causou ou não prejuízo POR ACIDENTE.

O patrão só pode descontar seu salário por erro caso esteja previsto no contrato no momento da admissão e você tenha aceitado isso de bom grado, além disso você deve receber alguma bonificação por esse risco, independentemente de se houve ou não dano à empresa: É o empreendedor é quem assume os riscos do empreendimento, não o empregado, por isso o empregado recebe menos, não cabe à você pagar pelos prejuizos da empresa.

Se está previsto no contrato e você recebe "quebra de caixa", na minha opinião em tese ele poderia fazer o desconto sim, pois isso afeta a capacidade de organização contábil da empresa, mas é algo perfeitamente discutível judicialmente, se você quiser levar isso a frente.

É errado