Tendo em vista que biologicamente, mesmo com toda a redução hormonal, a mulher trans é muito mais forte do que a mulher cis, até porque o traveco ainda tem a força de um homem.
Não se considera Maria da Penha porque para o direito é uma mulher, não se considera fatores biológicos e sim biopsicologicos, vai muito além de uma estrutura corporal, até porque o direito penal se baseia no momento presente da ação e não num passado.
O agente sofredor (que seria a mulher cis no seu exemplo) estaria apenas sofrendo lesão corporal, ou talvez violência doméstica se a questão se passar em âmbito familiar.