Praia do Flamengo (Stella Maris) só é perto em Salvador do Aeroporto, longe de todo o resto.
É bom se você quiser ficar mais isolada da cidade, buscando mais a natureza, e mais próxima de Camaçari, praia do Arembepe, ou se você quiser ficar mais perto de Praia do Forte, ou se estiver pensando em conhecer Lauro de Freitas. Para ir a Salvador mesmo, vai ser ao menos uma hora a uma hora e meia no ônibus ou no metrô ou 50 reais de carro.
Se você quiser mesmo ficar dentro da cidade, recomendo algum lugar no Campo Grande, nas Graças ou no Corredor da Vitória, nunca me hospedei nesses lugares, porém são mais perto da área comercial da cidade e ao mesmo tempo possuem certo nível de segurança. Também é bom se quiser ver pontos turísticos, pois é metade do caminho entre a Barra e o Comércio.
Porém, no meu caso, eu me hospedei maioria das vezes ou na Barra/Ondina ou no Caminho das Árvores, próximo ao Salvador Shopping. É o melhor custo-benefício, e são os locais relativamente seguros mais próximos de restaurantes e de mercados, e é onde mais se concentram serviços de hotelaria.
Recomendo que tenha cuidado se você se hospedar em prédios com vista para o mar mais para perto da Boca do Rio / Imbuí / Jardim Armação, muitas lojas fecharam nesses lugares por causa de assaltos, os bandidos aproveitam para ir a esses lugares para assaltar com certa frequência.