A ciência não aceita a Torre de Babel. Se existisse, poderia ser estudada arqueologicamente, mas não seria usada para explicar a diversidade de línguas por não ter como provar isso.
Eu não sou linguista pra explicar direito sua pergunta, mas tem a ver com a distribuição de pessoas em localidades diferentes e ao desenvolvimento de cada grupo de uma forma de comunicação.
Não sei, provavelmente por várias tribos diferentes ao redor do mundo terem inventado seus próprios dialetos para se comunicarem entre si, o mundo sempre foi grande demais para uma novidade se propagar tão rápido assim ao ponto de se tornar unanimidade (pelo menos até antes do século XIX).
Obs: estou apenas teorizando, isso não tem nenhuma base científica, cabe a você julgar se faz ou não sentido.