Se vc tiver acesso a algum computador instalado com sistema linux, é o mais fácil para remover o vírus. Basta colocar o pendrive, vc não precisa se preocupar de contaminar o outro PC, no linux funciona diferente do window. Geralmente vírus de pendrive são virus a parte e não são contaminantes dos arquivos já existentes no pendrive. Assim, basta vizualiar os aquivos que vc quer copiar e copiar para outro pendrive limpo ou um HD Externo.
Depois disso basta apagar os arquivos com um formatador simples como GPARTED que está disponível em boa parte das lojas de aplicativos das maioras ou populares das distribuições linux.
Caso isso seja muito urgente, vc pode baixar uma distribuição linux (aquivo NOME.ISO), montar um outro pendrive bootável com esse arquivo. Assim vc terá uma maneira de ter aceesso a essa distribuição sem ter que instala-la no seu computador e depois de dar boot (INICIAR O SISTEMA, SEJA O LINUX OU WINDOWS) usando o modo avaliação (QUE VC PODE TESTAR A VERSÃO DO LINUX NO PC SEM FORMATAR E INSTALAR) depois é só inserir o pendrive contaminado e realizar os passos acima.
Algumas distribuições como UBUNTU LINUX são fáceis de baixar e montar o pendrive bootável e possuem o modo avaliação onde vc pode testar sem ter que instalar td formatando seu PC, vc pode usar o programa RUFUS no windows para preparar o pendrive, é muito simples e intuitivo.
Esses passo a passo são fáceis de achar no youtube e levam em media 1h para ficar td pronto já constando com o download da distribuição e inicialização do pendrive bootável com a distrubuição linux que vc escolheu. Claro que quanto melhor sua internet para baixar o arquivo ISO da distribuição, mais rápido será isso. Parece um procedimento muito difícil, mas é o que muitos técnicos usam já que apresenta boa segurança contra contaminação.