Claro que vale a pena.
Mestrado e Doutorado eh pra quem quer seguir a área acadêmica, ou seja, trabalhar numa universidade.
De qualquer forma, melhor ter pós-graduação do que não ter nenhuma.
No Brasil, durante a pós Graduação dificilmente vale a pena, e o valor da bolsa é baixo. Mesmo após, o mercado tem pouca incorporação de doutores por parte das indústrias, já que pouca inovação é feita nacionalmente fora das Universidades. Isso é por conta da nossa cultura nada científica, então eles precisam esperar algum concurso ou trabalhar fora da área para sobreviverem, ainda mais depois da queda brusca de investimentos na Ciência do último governo.
Mestrado e Doutorado são empregos que pagam ao pesquisador o valor da bolsa, como alguém assina um contrato temporário. Contar que isso lhe servirá no futuro como título é ingenuidade senão para ministrar aulas em universidade privada. Concurso público para professor universitário está muito concorrido, com as vagas só diminuindo a cada ano.
No laboratório que eu trabalhava, os mestrandos, os doutorandos e até os pós-doutorandos pesquisavam como passar em medicina.