O que representa a filosofia perante a ciência?

Que perguntinhas difíceis

eu acho que a filosofia serviu como alicerce para os avanços cientificos através das constantes indagações e da nao conformidade do que se é apresentado

Não acho que a ciência refute a filosofia, pelo contrário. Ela é oriunda da filosofia, esta a progenitora de todos os outros ramos da ciência. O pensamento crítico, reflexivo e indagador deu origem aos alicerces, como disse o DanielT, da ciência como temos como concepção, a partir da Revolução Científica. Os grandes filósofos da Antiguidade ou até mesmo de épocas mais recentes como a Idade Moderna foram também importantes contribuidores para o avanço de diversos ramos científicos, como a Geografia, Medicina, Biologia, etc. Estes filósofos, apesar do termo evocar uma delimitação a uma área só, não se limitavam ao exercício da filosofia única e exclusivamente. Eram verdadeiros polímatas. Estudavam sobre a Terra, o corpo, as relações humanas, a psicologia. Dizer que a filosofia é, de alguma forma, um empecilho ou obstáculo para a ciência, ou não-científica, é um ledo engano

Questionamentos, questionamentos até do conceito da própria ciência, da definição de ciência no meio do senso comum. Muitos dissipam a ideia de que a verdadeira ciência é a instrumental, ou seja, aquela que é hábil a construir vacinas, a realizar grandes avanços na área medicinal etc.
Exemplo claro é no contexto de COVID o senso comum erguer o slogan de " viva a ciência" a partir da criação da vacina, como se essa constituísse a única ciência verdadeira, quando não se passa de instrumental. Indicam que a verdadeira é aquela aliada a prática, que transforma ou que propõe avanços na vida cotidiana da civilização.

Existe uma disciplina na academia chamada filosofia da ciência ou teoria do conhecimento, onde uma delas propõe o questionamento das formas de se chegar a um conhecimento verdadeiro, seguro e inabalável etc.
Essa é a tríplice do que se chama "conhecimento".