Provavelmente devem entender e diferenciar carinho de agressão, mas por causa da sensação boa que recebem no momento do carinho e não pq sabem que fulano ou ciclone gosta de fazer carinho neles, não acredito que eles pensem em carinho como o ser humano, pelo menos não na parte de interpretar, embora é óbvio que eles saibam o que é carinho. Eu chutaria que é mais instintivo(no sentido de ser algo que eles sentem e reagem) do que saber exatamente o que é carinho ou ter consciência de que o carinho é uma espécie de afeto ou amor que você sente por eles ou outro ser humano.
sempre tem o risco de antropomorfizar o bicho, mas acredito que gatos e cachorros sim, outros animais creio que não. Um lance que eu vi por exemplo é mostrar os dentes, pro ser humano isso é normalmente um sorriso simpático enquanto pros animais é agressividade.
Cachorros compreendem carinho muito melhor que os homens e ainda são gratos e recíprocos. Dê 10 minutos de carinho a um cachorro, ele te será grato a vida toda, dê 10 anos de carinho a um ser humano, na primeira oportunidade ele te abandona.