Conheci um casal recentemente que era exatamente isso: um nordestino, que aliás, interessantíssimo, com uma sulista do interior. Não sei se é pelo meio, mas não me pareceu que existe preconceito, pelo menos não escancarado.
Sou de SP e a região onde moro tem bastante nordestinos casados com as mulheres daqui e ao contrário também. Não vejo preconceito porque a maioria são bem amigáveis, só escutam alguns apelidos e estereótipos do tipo: Baiano, Paraíba, cabeça de caixa d'água.
Preconceito sempre tem em tudo que é diferente, não é necessariamente ruim, mas para chegar a racismo ou xenofobia (apesar do uso errado do termo que não caberia para entes dentro do mesmo país ou mesmo povo), somente em casos extremos e isolados. Daí sim, já é mais complicado.