Na frase: "Você gosta de cinema ou teatro?", pela entonação vocal, você logo vê se quero saber se você gosta de, no mínimo, um dos dois ou de qual gosta (escolha um).
Realmente você está certo. Na entonação dá para expressar melhor o que você quer saber. Você só errou quando disse que essa frase escrita gera ambiguidade. Ela não gera ambiguidade. A única intenção que passa é que você quer saber de qual dos dois eu gosto.
Ambiguidade seria eu escrever: "O presidente da empresa se reuniu com o diretor na sala dele". Não dá pra saber se a reunião foi na sala do presidente ou do diretor.