Por que a maioria das lojas online estão tirando a opção de pagar com boleto? Quem entende, pode me explicar?

Porque o método preferido de pagamento da clientela é o pix, é tão seguro quando o boleto e a aprovação do pagamento é imediata em qualquer horário do dia.
E convenhamos, boleto é arcaico no cenário atual.

Ta ficando ultrapassado

Então, até 2017 não tinha cartão virtual, muitas pessoas usavam boletos bancários para pagar compras online por questões de segurança. Mas de 2018 pra cá a maioria dos bancos tem cartão virtual ou seja vc gera um cartão só pra compras na internet e após a compra ser aprovada excluí o cartão e ele não poderá ser usado em outras compras.